福贡云黄连是传统中药黄连的主要品种之一，一种常用的名贵中药材，也是国家二级重点保护药材。福贡云黄连在中国具有悠久的应用历史，享有很高的盛誉，是云南省的地方特色药材品种之一，被国家中药管理局推荐发展保护和开发的63种紧缺中药材之一。
早在2000多年前的秦汉时期，中国第一部药学专著《神农本草经》就将黄连列为上品。并有“味苦寒，主热气目痛，明目，肠澼腹痛下痢，妇人阴中肿痛。久服令人不忘”之记载。此后，历代本草书籍皆有不同记述。
明代，兰茂《滇南草本》载：“滇连，一名云连。人多不识。”“黄色根，连接成条。此黄连功胜川连百倍。气味苦，寒，无毒。”“入心经兼入肝、胆、脾，大肠经。清火，除湿，消痞块，止痢疾。”
清代，《清宫医案》将云黄连列为极品，提倡使用本种。
云黄连野生变家种在怒江州已有百年历史，20世纪30年代编篡的《篡修云南上帕沿边志》载：“帕属黄连产于碧罗、高黎两大雪山之上，为本属重要药材，行销内地，在昔概系野产，嗣因怒傈采取者多，至令野产尽绝……择林木深入群地栽种，近日逐渐推广，愈种愈多，将来普遍种植，则怒傈生计，翅足可以立面待也”。
《中华人民共和国药典》亦将其列为规定的黄连药材之一，为国家二级保护植物，也是常用的名贵中药材之一。
长期以来，云黄连是怒江傈僳族、怒族、独龙族人民用于与外界进行物资交换的主要商品，是高黎贡山最负盛名的药用植物之一。由于长期掠夺性采挖和环境不断遭到破坏，野生云黄连已处于灭绝边缘，被国家列为二级濒危保护植物，渐危种。
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